医疗污水处理设备设计工艺采用“二级生化降解+消毒”工艺，主要是A/O生物降解处理工艺，通过接触反应，可以将污水中的有机污染物指标有效的降低到排放标准；消毒处理是对医疗污水中的大量细菌进行有效灭菌处理，通过控制接触消毒时间和投加药剂方式，将细菌数量长期控制在较低的水平，使过滤系统的出水保证达到水质要求。
医疗综合污水排放一般分成两部分：
其一为生活污水，其二为医疗污水，一般有相关病床以及医疗实验所产生的废水。医疗污水来源及成分复杂，含病原性生物、有毒、有害的物理化学污染物和放射性污染物等，具有空间污染、急性传染和潜伏性传染等特征，不经有效处理会成为一条疫病扩散的重要途径和严重污染环境。
医疗污水处理设备工艺选择原则为：
传染病医院必须采用二级处理，并需进行预消毒处理。处理出水排入自然水体的县及县以上医院必须采用二级处理。处理出水排入城市下水道(下游设有二级污水处理厂)的综合医院推荐采用二级处理，对采用一级处理工艺的必须加强处理效果。
对于经济不发达地区的小型综合医院，条件不具备时可采用简易生化处理作为过渡处理措施，之后逐步实现二级处理或加强处理效果的一级处理。对于处理出水最终进入二级处理城市污水处理厂的综合医院，应加强其处理效果，提高SS的去除率，减少消毒剂用量。
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